Sul retro della chiesa di Santa Margherita, un portale con arco ogivale tipicamente trecentesco permette l’ingresso alla cripta, che presenta un impianto architettonico assai severo. Una serie di otto archi a tutto sesto racchiudono lo spazio centrale circolare dominato dall’altare maggiore, decorato lateralmente con due altorilievi marmorei dello scultore Dante Ruffini che ritraggono, quello di destra, Santa Lucia Filippini che educa dei giovani, l’altro Il cardinale Barbarigo che porge il crocifisso alla Santa. Nel sepolcro al di sotto dell’altare è custodito il corpo di Santa Lucia Filippini.